Un conflit éclate entre ses deux fils, Bajazet II et Zizim, qui se disputent le droit d'aînesse. Zizim se met sous la protection des chevaliers sur l'île de Rhodes. Pour sa sécurité, Pierre d'Aubusson le place en France à Bourganeuf en Creuse, où il demeurera quelques années. Encore aujourd'hui, on peut voir la tour dite Zizim qui lui servit de refuge, et peut être, pour que vive la légende, put-il admirer la célèbre tapisserie de la Dame à la Licorne réalisée pour adoucir sa captivité. Innocent VIII élève le Grand Maître au rang de cardinal. Il sera d'ailleurs le seul à travers toute l'histoire de l'ordre, à obtenir la livrée cardinalice. Pour le récompenser, Innocent VIII transfère les biens de l'ordre du Saint Sépulcre récemment dissout, aux chevaliers de Rhodes.

Le pape insiste pour que Zizim soit transféré à Rome. Malgré quelques réticences, Pierre d'Aubusson accède à cette demande. Hélas, l'accession d'Alexandre VI, le premier Borgia, au trône de St Pierre, fut fatale au prince ottoman qui succomba, sans doute victime du poison, dès qu'il fut remis au roi de France Charles VIII. Très imprégné par sa foi, Pierre d'Aubusson souhaite une nouvelle croisade qu'il accepte de commander pour reconquérir Constantinople. Elle serait financée par l'ordre qui assurerait le transport des croisés par delà la Méditerranée. Alors qu'il pensait avoir convaincu les royaumes européens, des querelles d'intérêt surviennent et le projet est abandonné. Très affecté, le Grand Maître s'isole à Rhodes et meurt peu de temps après, le 13 juillet 1503.     

Le magistère de Pierre d'Aubusson

Il avait souhaité capturer le plus grand bateau de commerce de la flotte musulmane, pourtant reconnue neutre, par décret du sénat vénitien, dans les différents conflits qui se succèdent dans la région. Quelques années après la mort du Grand Maître, un autre limousin, le chevalier Jacques de Gastinau, Commandeur du Limousin, prieur en Aquitaine, va réaliser ce souhait. Le Grand Maître Aimery d'Ambroise s'estime libéré de tout engagement  par les attaques publiques de la flotte turque malgré les trêves existantes. Il accède à la proposition du Commandeur de Gastinau. Celui-ci forme assitôt un équipage déterminé, composé de marins français issus de toutes les provinces de l'Ordre, mais à majorité limousine."

"La Reine des Mers" embarque 1 200 hommes d'équipage encadrés par 1 000 soldats chargés de la défense. Ce quatre mâts doté de sept ponts défendus par 120 canons est entièrement construit en bois de chêne, de cèdre et de teck, chevillé de cuivre. Aussi fin marin que bon stratège, de Gastinau s'approche du grand bâtiment profitant d'un office religieux sur le pont de son bâtiment qu'il laisse dériver.Il rejoint ensuite ses compagons limousins dotés comme lui d'un solide appétit et d'une gaillarde  humeur pour déguster un grand bol de vin de Chypre cuit avec des épices. Malgré l'approche de la grande caraque, le Commandeur fait réciter une courte prière aux chevaliers et demande au chapelain du navire, interloqué, de donner l'absolution. Après quelques palabres, le chapelain accepte d'outrepasser ses droits. Le bâtiment des chevaliers est parvenu à proximité de La Reine des Mers qui poursuit sa route sans prêter attention au navire de l'Ordre. Celui-ci manoeuvre au plus près et coupe la route du grand  bâtiment l'obligeant à ralentir. Le Commandeur délègue deux ambassades succesives auprès du capitaine de la Caraque, surtout pour atténuer sa vigilence. Lors du deuxième rendez vous, celui-ci est stupéfait d'entendre de Gastinau lui demander de se rendre. Bien entendu, il refuse et couvre les chevaliers de sarcasmes et d'injures. Etant au plus près du gigantesque  bateau sous les lignes de ses canons, les chevaliers débutent une canonade, tuant net  le capitaine turc. Profitant de la surprise et de la confusion les chevaliers lancent les grappins d'abordage, paniqués, les marins égyptiens préfèrent se rendre plutôt que d'être taillés en pièces, et, sous bonne garde, amènent leur bâtiment et sa très riche cargaison dans le port de Rhodes.

Plus de vingt ans après la disparition de Pierre d'Aubusson, le Grand Maître Villiers de l'Isle Adam, trahi par un de ses lieutenants, doit céder devant Soliman et les Hospitaliers de l'ordre de St Jean quittent définitivement Rhodes pour une longue errance. Charles Quint, contre la redevance annuelle d'un faucon, offre l'île de Malte aux chevaliers.